Saat ini PINUS diketuai oleh Direktur Utama yang berada di Kantor Pusat PINUS di Bandung, dan untuk cabang Sumatera Selatan dan Sulawesi Selatan juga diangkat seorang Direktur. PINUS juga memiliki tim ahli dari berbagai latar belakang seperti ekonomi, sosiologi, dan lingkungan, yang memiliki pengalaman dan kompetensi untuk mengarahkan program-program di PINUS. Adapun Struktur Organisasi PINUS adalah sebagai berikut :